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Structure of apo Finch Polyomavirus VP1
Starting Model(s) Initial Refinement Model(s) Type Source Accession Code Details experimental model PDB 4FMG
Crystallization Crystalization Experiments ID Method pH Temperature Details 1 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 7.5 293 HEPES, PEG 8000, ethylene glycol
Crystal Properties Matthews coefficient Solvent content 2.7 54.43
Crystal Data Unit Cell Length ( Å ) Angle ( ˚ ) a = 145.048 α = 90 b = 91.614 β = 92.1 c = 352.326 γ = 90
Symmetry Space Group P 1 21 1
Diffraction Diffraction Experiment ID # Crystal ID Scattering Type Data Collection Temperature Detector Detector Type Details Collection Date Monochromator Protocol 1 1 x-ray 93 PIXEL DECTRIS EIGER X 16M 2017-12-06 M SINGLE WAVELENGTH
Radiation Source ID # Source Type Wavelength List Synchrotron Site Beamline 1 SYNCHROTRON SLS BEAMLINE X06SA 1.00001 SLS X06SA
Data Collection Overall ID # Resolution (High) Resolution (Low) Percent Possible (Observed) Rrim I (All) CC (Half) Net I Over Average Sigma (I) Redundancy Number Reflections (All) Number Reflections (Observed) Observed Criterion Sigma (F) Observed Criterion Sigma (I) B (Isotropic) From Wilson Plot 1 2.618 48.07 98.45 0.262 0.993 6.11 3.9 274707 55.5
Highest Resolution Shell ID # Resolution (High) Resolution (Low) Percent Possible (All) Percent Possible (Observed) Rrim I (All) CC (Half) Mean I Over Sigma (Observed) Redundancy Number Unique Reflections (All) 1 2.618 2.77 0.156 0.642 1.03
Refinement Statistics Diffraction ID Structure Solution Method Cross Validation method Starting model Resolution (High) Resolution (Low) Number Reflections (Observed) Number Reflections (R-Free) Percent Reflections (Observed) R-Factor (All) R-Work (Depositor) R-Work (DCC) R-Free (Depositor) R-Free (DCC) Mean Isotropic B X-RAY DIFFRACTION MOLECULAR REPLACEMENT FREE R-VALUE 4FMG 2.618 48.068 274706 2748 98.534 0.27 0.2698 0.2693 0.3003 0.3003 50.781
Temperature Factor Modeling Anisotropic B[1][1] Anisotropic B[1][2] Anisotropic B[1][3] Anisotropic B[2][2] Anisotropic B[2][3] Anisotropic B[3][3] -3.737 3.677 6.363 -2.887
RMS Deviations Key Refinement Restraint Deviation r_dihedral_angle_2_deg 36.754 r_dihedral_angle_3_deg 15.229 r_dihedral_angle_4_deg 14.496 r_lrange_it 8.473 r_lrange_other 8.472 r_dihedral_angle_1_deg 7.14 r_mcangle_it 5.07 r_mcangle_other 5.07 r_scangle_it 4.425 r_scangle_other 4.425
RMS Deviations Key Refinement Restraint Deviation r_dihedral_angle_2_deg 36.754 r_dihedral_angle_3_deg 15.229 r_dihedral_angle_4_deg 14.496 r_lrange_it 8.473 r_lrange_other 8.472 r_dihedral_angle_1_deg 7.14 r_mcangle_it 5.07 r_mcangle_other 5.07 r_scangle_it 4.425 r_scangle_other 4.425 r_mcbond_it 3.217 r_mcbond_other 3.217 r_scbond_it 2.757 r_scbond_other 2.757 r_angle_other_deg 2.449 r_angle_refined_deg 1.373 r_nbd_other 0.373 r_symmetry_nbd_refined 0.286 r_symmetry_xyhbond_nbd_refined 0.245 r_symmetry_nbd_other 0.224 r_nbd_refined 0.195 r_nbtor_refined 0.163 r_xyhbond_nbd_refined 0.133 r_symmetry_xyhbond_nbd_other 0.131 r_ncsr_local_group_416 0.085 r_ncsr_local_group_350 0.082 r_ncsr_local_group_21 0.08 r_ncsr_local_group_78 0.079 r_ncsr_local_group_241 0.079 r_ncsr_local_group_351 0.079 r_ncsr_local_group_392 0.079 r_ncsr_local_group_51 0.078 r_ncsr_local_group_102 0.078 r_ncsr_local_group_346 0.078 r_ncsr_local_group_357 0.078 r_ncsr_local_group_401 0.078 r_ncsr_local_group_50 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Software Software Software Name Purpose REFMAC refinement XDS data reduction XDS data scaling PHASER phasing Coot model building