4WZJ

Spliceosomal U4 snRNP core domain

X-RAY DIFFRACTION

Starting Model(s)

Initial Refinement Model(s)
Type	Source	Accession Code	Details
experimental model	PDB	4PJO

Crystallization

Crystalization Experiments
ID	Method	pH	Temperature	Details
1	VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP		293	4-10% PEG 550 MME, 0.1M KSCN or (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS PH 8.0-8.5 10 MM MGCL2, 2 MM CYCLEN.

Crystal Properties
Matthews coefficient	Solvent content
3.6	63

Crystal Data

Unit Cell
Length ( Å )	Angle ( ˚ )
a = 248.01	α = 90
b = 248.01	β = 90
c = 251.94	γ = 120

Symmetry
Space Group	P 31

Diffraction

Diffraction Experiment
ID #	Crystal ID	Scattering Type	Data Collection Temperature	Detector	Detector Type	Details	Collection Date	Monochromator	Protocol
1	1	x-ray	100	CCD	ADSC QUANTUM 4		2004-07-13	M	SINGLE WAVELENGTH

Radiation Source
ID #	Source	Type	Wavelength List	Synchrotron Site	Beamline
1	SYNCHROTRON	SRS BEAMLINE PX9.6	0.9795	SRS	PX9.6

Data Collection

Overall
ID #	Resolution (High)	Resolution (Low)	Percent Possible (Observed)	R Merge I (Observed)	Net I Over Average Sigma (I)	Redundancy	Number Reflections (All)	Number Reflections (Observed)	Observed Criterion Sigma (F)	Observed Criterion Sigma (I)	B (Isotropic) From Wilson Plot
1	3.59	66.16	82.9	0.21	3.3	2	202467	202467

Highest Resolution Shell
ID #	Resolution (High)	Resolution (Low)	Percent Possible (All)	Percent Possible (Observed)	R Merge I (Observed)	Mean I Over Sigma (Observed)	Redundancy	Number Unique Reflections (All)
1	3.59	3.68	20.8		0.73	1.1	1.9

Refinement

Statistics
Diffraction ID	Structure Solution Method	Cross Validation method	Starting model	Resolution (High)	Resolution (Low)	Number Reflections (Observed)	Number Reflections (R-Free)	Percent Reflections (Observed)	R-Factor (All)	R-Factor (Observed)	R-Work	R-Free	R-Free Selection Details	Mean Isotropic B
X-RAY DIFFRACTION	MOLECULAR REPLACEMENT	FREE R-VALUE	4PJO	3.6	66.154	166779	8251	83.075	0.179	0.17899	0.1767	0.2238	Random selection	128.369

Temperature Factor Modeling
Anisotropic B[1][1]	Anisotropic B[1][2]	Anisotropic B[1][3]	Anisotropic B[2][2]	Anisotropic B[2][3]	Anisotropic B[3][3]
-5.014			-5.014		10.028

RMS Deviations
Key	Refinement Restraint Deviation
r_lrange_it	35.898
r_dihedral_angle_2_deg	31.885
r_mcangle_it	21.402
r_scangle_it	21.113
r_dihedral_angle_4_deg	16.173
r_dihedral_angle_3_deg	15.51
r_mcbond_it	13.21
r_scbond_it	12.979
r_dihedral_angle_1_deg	7.491
r_angle_refined_deg	1.399

RMS Deviations
Key	Refinement Restraint Deviation
r_lrange_it	35.898
r_dihedral_angle_2_deg	31.885
r_mcangle_it	21.402
r_scangle_it	21.113
r_dihedral_angle_4_deg	16.173
r_dihedral_angle_3_deg	15.51
r_mcbond_it	13.21
r_scbond_it	12.979
r_dihedral_angle_1_deg	7.491
r_angle_refined_deg	1.399
r_symmetry_nbd_refined	0.346
r_nbtor_refined	0.303
r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.299
r_nbd_refined	0.237
r_xyhbond_nbd_refined	0.148
r_ncsr_local_group_341	0.127
r_ncsr_local_group_295	0.121
r_ncsr_local_group_472	0.121
r_ncsr_local_group_466	0.116
r_ncsr_local_group_434	0.115
r_ncsr_local_group_411	0.114
r_ncsr_local_group_300	0.113
r_ncsr_local_group_126	0.112
r_ncsr_local_group_470	0.111
r_ncsr_local_group_342	0.11
r_ncsr_local_group_464	0.109
r_ncsr_local_group_465	0.109
r_ncsr_local_group_505	0.109
r_ncsr_local_group_381	0.108
r_ncsr_local_group_467	0.108
r_ncsr_local_group_469	0.108
r_ncsr_local_group_473	0.108
r_ncsr_local_group_526	0.108
r_ncsr_local_group_191	0.107
r_ncsr_local_group_49	0.106
r_ncsr_local_group_292	0.106
r_ncsr_local_group_471	0.106
r_ncsr_local_group_121	0.104
r_ncsr_local_group_409	0.104
r_ncsr_local_group_463	0.104
r_ncsr_local_group_527	0.104
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r_ncsr_local_group_293	0.099
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r_ncsr_local_group_498	0.098
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r_ncsr_local_group_186	0.095
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r_ncsr_local_group_340	0.095
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r_ncsr_local_group_476	0.094
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r_ncsr_local_group_493	0.089
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r_ncsr_local_group_183	0.088
r_ncsr_local_group_432	0.088
r_ncsr_local_group_512	0.088
r_ncsr_local_group_123	0.085
r_ncsr_local_group_448	0.085
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r_ncsr_local_group_480	0.083
r_ncsr_local_group_483	0.083
r_ncsr_local_group_521	0.082
r_ncsr_local_group_474	0.08
r_ncsr_local_group_477	0.08
r_ncsr_local_group_524	0.08
r_ncsr_local_group_479	0.079
r_ncsr_local_group_491	0.079
r_ncsr_local_group_501	0.077
r_ncsr_local_group_507	0.076
r_ncsr_local_group_497	0.075
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r_ncsr_local_group_504	0.075
r_ncsr_local_group_120	0.073
r_ncsr_local_group_125	0.073
r_ncsr_local_group_494	0.073
r_chiral_restr	0.072
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r_ncsr_local_group_495	0.07
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r_ncsr_local_group_485	0.069
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r_ncsr_local_group_21	0.06
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r_ncsr_local_group_487	0.059
r_ncsr_local_group_3	0.058
r_ncsr_local_group_489	0.058
r_ncsr_local_group_514	0.057
r_ncsr_local_group_515	0.057
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r_ncsr_local_group_492	0.054
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r_ncsr_local_group_522	0.052
r_ncsr_local_group_127	0.051
r_ncsr_local_group_189	0.05
r_ncsr_local_group_247	0.05
r_ncsr_local_group_513	0.05
r_ncsr_local_group_185	0.049
r_ncsr_local_group_243	0.049
r_ncsr_local_group_246	0.049
r_ncsr_local_group_510	0.048
r_ncsr_local_group_136	0.047
r_ncsr_local_group_257	0.047
r_ncsr_local_group_350	0.047
r_ncsr_local_group_386	0.047
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r_ncsr_local_group_65	0.046
r_ncsr_local_group_200	0.046
r_ncsr_local_group_307	0.046
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r_ncsr_local_group_119	0.045
r_ncsr_local_group_437	0.045
r_ncsr_local_group_509	0.045
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r_ncsr_local_group_235	0.044
r_ncsr_local_group_36	0.043
r_ncsr_local_group_109	0.043
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r_ncsr_local_group_238	0.042
r_ncsr_local_group_239	0.041
r_ncsr_local_group_15	0.04
r_ncsr_local_group_154	0.035
r_ncsr_local_group_338	0.035
r_ncsr_local_group_488	0.035
r_ncsr_local_group_78	0.033
r_ncsr_local_group_407	0.033
r_ncsr_local_group_459	0.033
r_ncsr_local_group_43	0.032
r_ncsr_local_group_182	0.032
r_ncsr_local_group_298	0.032
r_ncsr_local_group_376	0.032
r_ncsr_local_group_431	0.032
r_ncsr_local_group_151	0.03
r_ncsr_local_group_156	0.027
r_ncsr_local_group_2	0.024
r_ncsr_local_group_124	0.02
r_ncsr_local_group_344	0.017
r_ncsr_local_group_113	0.016
r_ncsr_local_group_1	0.014
r_ncsr_local_group_46	0.013
r_ncsr_local_group_48	0.013
r_ncsr_local_group_50	0.013
r_ncsr_local_group_51	0.013
r_ncsr_local_group_301	0.013
r_ncsr_local_group_9	0.012
r_ncsr_local_group_45	0.012
r_ncsr_local_group_47	0.012
r_ncsr_local_group_52	0.012
r_ncsr_local_group_249	0.012
r_ncsr_local_group_12	0.011
r_bond_refined_d	0.01
r_ncsr_local_group_55	0.01
r_ncsr_local_group_89	0.01
r_ncsr_local_group_96	0.01
r_ncsr_local_group_115	0.01
r_ncsr_local_group_116	0.01
r_ncsr_local_group_177	0.01
r_ncsr_local_group_443	0.01
r_gen_planes_refined	0.009
r_ncsr_local_group_42	0.009
r_ncsr_local_group_57	0.009
r_ncsr_local_group_108	0.009
r_ncsr_local_group_110	0.009
r_ncsr_local_group_111	0.009
r_ncsr_local_group_117	0.009
r_ncsr_local_group_128	0.009
r_ncsr_local_group_134	0.009
r_ncsr_local_group_167	0.009
r_ncsr_local_group_193	0.009
r_ncsr_local_group_194	0.009
r_ncsr_local_group_196	0.009
r_ncsr_local_group_199	0.009
r_ncsr_local_group_302	0.009
r_ncsr_local_group_337	0.009
r_ncsr_local_group_346	0.009
r_ncsr_local_group_349	0.009
r_ncsr_local_group_375	0.009
r_ncsr_local_group_384	0.009
r_ncsr_local_group_436	0.009
r_ncsr_local_group_6	0.008
r_ncsr_local_group_16	0.008
r_ncsr_local_group_20	0.008
r_ncsr_local_group_22	0.008
r_ncsr_local_group_35	0.008
r_ncsr_local_group_38	0.008
r_ncsr_local_group_60	0.008
r_ncsr_local_group_62	0.008
r_ncsr_local_group_63	0.008
r_ncsr_local_group_100	0.008
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r_ncsr_local_group_133	0.008
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r_ncsr_local_group_334	0.008
r_ncsr_local_group_336	0.008
r_ncsr_local_group_351	0.008
r_ncsr_local_group_377	0.008
r_ncsr_local_group_383	0.008
r_ncsr_local_group_414	0.008
r_ncsr_local_group_430	0.008
r_ncsr_local_group_438	0.008
r_ncsr_local_group_449	0.008
r_ncsr_local_group_450	0.008
r_ncsr_local_group_34	0.007
r_ncsr_local_group_37	0.007
r_ncsr_local_group_44	0.007
r_ncsr_local_group_53	0.007
r_ncsr_local_group_54	0.007
r_ncsr_local_group_64	0.007
r_ncsr_local_group_66	0.007
r_ncsr_local_group_73	0.007
r_ncsr_local_group_87	0.007
r_ncsr_local_group_88	0.007
r_ncsr_local_group_90	0.007
r_ncsr_local_group_91	0.007
r_ncsr_local_group_92	0.007
r_ncsr_local_group_93	0.007
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r_ncsr_local_group_122	0.007
r_ncsr_local_group_157	0.007
r_ncsr_local_group_176	0.007
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r_ncsr_local_group_179	0.007
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